أهداف اتحاد جامعات العالم الإسلامي هي :
رفع مستوى البحوث العلمية في المجالات كافة، وتبادل نتائجها وربطها بالمتطلبات التنموية والحضارية للأمة الإسلامية.
الارتقاء بالقدرات البشرية والمعرفية للجامعات الأعضاء.
تشجيع تدريس لغة القرآن الكريم والثقافة الإسلامية في الجامعات الأعضاء.
العناية بالتراث الإسلامي، تعريفاً وترجمة وتحقيقاً، وإبراز إسهام علمائه في البناء الحضاري الإنساني.
تعزيز التعاون بين الجامعات الأعضاء وتشجيع تبادل التجارب بما يعزز تبادل التجارب والدراسات والبرامج والزيارات في مجال التربية والعلوم والتكنولوجيا والثقافة والاتصال.
دعم جهود مؤسسات التعليم العالي لمعالجة قضايا العصر وترسيخ قيم التفاهم والتعايش والسلام بين شعوب الأمة الإسلامية والعالم أجمع.
تحسين مستوى الجودة والابتكار في الجامعات الأعضاء وتطوير وسائل الأداء التعليمي والبحثي في إطار الثوابت الحضارية للأمة الإسلامية.