الأمانة العامة
تتألف الأمانة العامة من جهاز إداري وفني يرأسه الأمين العام وفق هيكل تنظيمي يقترحه الأمين العام ويعتمده المجلس التنفيذي والمؤتمر العام.
يقوم على رأس الأمانة العامة أمين عام يعتمده المؤتمر العام لمدة ثلاث سنوات قابلة للتجديد، ويتولى مهام الأمين العام للاتحاد المدير العام للمنظمة الإسلامية للتربية والعلوم والثقافة ـ إيسيسكو ـ بحكم منصبه.
ويعتبر الأمين العام رئيس الجهاز الإداري للاتحاد والمسؤول أمام المجلس التنفيذي والمؤتمر العام، وله السلطة المباشرة على جميع العاملين بالأمانة العامة.
إذا أصبح منصب الأمين العام شاغراً بسبب الاستقالة أو العجز أو أي سبب آخر، تسند مهمة التسيير العادي للأمانة العامة ومتابعة تنفيذ البرامج إلى المسؤول الأعلى رتبة في الأمانة العامة ريثما يتم انتخاب مدير عام جديد للمنظمة الإسلامية للتربية والعلوم والثقافة ـ إيسيسكو ـ.
الأمين العام
الدكتور عبد العزيز بن عثمان التويجري.
المجلس التنفيذي
أولاً : تشكيل المجلس
يشكل المجلس التنفيذي من خمس عشرة جامعة، ينتخبها المؤتمر العام لمدة ثلاث سنوات، باقتراح من مكتب المؤتمر ويراعى في اختيارها التوزيع الجغرافي، والالتزام المنتظم بدفع رسوم اشتراكها، على الأقل بالنسبة للسنوات الثلاث التي تسبق انتخابها.
تقوم كل جامعة عضو في المجلس التنفيذي بتعيين ممثلها في المجلس بمراسلة رسمية موقعة من رئيس الجامعة العضو وموجهة إلى الأمين العام للاتحاد، ومرفقة بسيرته الذاتية.
ثانياً : حضور المجلس :
يحضر الأمين العام للاتحاد أو من ينيبه جلسات المجلس، كما يدعو الأمين العام معاونيه وممثلي الأجهزة الخارجية للاتحاد لحضور هذه الاجتماعات لتقديم البيانات التي تدخل في اختصاصهم.
يجتمع المجلس في دورة عادية مرة كل سنة في المكان والزمان اللذين قد حددهما في اجتماعه السابق
المؤتمر العام
يتشكّل المؤتمر العام من رؤساء ومديري الجامعات الأعضاء وما في حكمها من مؤسسات التعليم العالي أو من ينوب عنهم.
تشكيل مكتب المؤتمر : ينتخب المؤتمر في كل دورة رئيساً له وثلاثة نواب للرئيس ومقرراً ورؤساء اللجان العاملة في المؤتمر، ويشكلون مكتب المؤتمر بالإضافة إلى رئيس المجلس التنفيذي.
القرارات : لكل عضو صوت واحد. وتتخذ القرارات بالأغلبية النسبية من الأعضاء الحاضرين المصوتين بما لا يتعارض مع المادة )18( من الميثاق.
اجتماعات المؤتمر : يجتمع المؤتمر العام في دورة عادية مرة كل ثلاث سنوات، ويجوز أن يجتمع في دورة استثنائية بناء على : ـ قرار من المؤتمر العام. ـ طلب من المجلس التنـفـيذي. ـ طلب من ثلث الجامعات الأعضاء. ـ طلب من الأمين العام للاتحاد مشفوعاً بموافقة ثلاثين عضواً على الأقل.
حضور المؤتمر : للأمين العام لمنظمة التعاون الإسلامي أو من ينوب عنه حق حضور المؤتمر العام، وكذلك للهيئات المنبثقة عن منظمة التعاون الإسلامي، ويجوز للاتحادات والمؤسسات الموازية حضور المؤتمر العام كملاحظ.